Terdapat beberapa versi cerita mengenai asal-usul nama Raja Ampat yang diwariskan turun-temurun dari generasi ke generasi di dalam kehidupan masyarakat asli kepulauan Raja Ampat. Salah satu versi dari cerita ini adalah sebagai berikut:

Pada suatu saat di Teluk Kabui Kampung Wawiyai ada sepasang suami istri pergi ke hutan (sebagai perambah hutan) untuk mencari makanan, ketika mereka tiba di tepi Sungai Waikeo (Wai artinya air, kew artinya teluk) mereka menemukan enam butir telur naga. Telur-telur tersebut disimpan dalam noken (kantong) dan dibawa pulang, sesampainya di rumah telur-telur tersebut disimpan dalam kamar. Ketika malam hari mereka mendengar suara bisik-bisik, betapa kagetnya mereka ketika mereka melihat di dalam kamar ternyata ke-lima butir telur telah menetas berwujud empat anak laki-laki dan satu anak perempuan, semuanya berpakaian halus yang menunjukkan bahwa mereka adalah keturunan raja.

Sampai saat ini belum jelas siapa yang memberikan nama kepada anak-anak tersebut tapi kemudian diketahui bahwa masing-masing anak bernama :

Sedangkan anak yang perempuan (bernama Pintolee), pada suatu ketika anak perempuan tersebut diketahui sedang hamil dan oleh kakak-kakaknya Pintolee diletakkan dalam kulit bia (kerang) besar kemudian dihanyutkan hingga terdampar di Pulau Numfor. Satu telur lagi tidak menetas dan menjadi batu yang diberi nama Kapatnai dan diperlakukan sebagai raja bahkan di beri ruangan tempat bersemayam lengkap dengan dua batu yang berfungsi sebagai pengawal di kanan-kiri pintu masuk bahkan setiap tahunnya dimandikan dan air mandinya disiramkan kepada masyarakat sebagai babtisan untuk Suku Kawe. Tidak setiap saat batu tersebut bisa dilihat kecuali satu tahun sekali yaitu saat dimandikan.

Oleh karena masyarakat sangat menghormati keberadaan telur tersebut maka dibangunlah sebuah rumah ditepi Sungai Waikeo sebagai tempat tinggalnya dan hingga kini masih menjadi objek pemujaan masyarakat. (Sumber: Korneles Mambrasar)

Di tinjau dari sisi sejarah,  Kepulauan Raja Ampat di abad ke 15 merupakan bagian dari kekuasaan Kesultanan Tidore, sebuah kerajaan besar yang berpusat di Kepulauan Maluku. Untuk menjalankan pemerintahannya, Kesultanan Tidore ini menunjuk 4 orang Raja lokal untuk berkuasa di pulau Waigeo, Batanta, Salawati dan Misool yang merupakan 4 pulau terbesar dalam jajaran kepulauan Raja Ampat sampai sekarang ini.  Istilah 4 orang Raja dalam yang memerintah di gugusan kepulauan itulah yang menjadi awal dari nama Raja Ampat.

Kabupaten yang memperingati Hari Ulang Tahun setiap tanggal 9 Mei ini sekarang merupakan sebuah Kabupaten di Propinsi Papua Barat yang dimekarkan dari Kabupaten Sorong pada tahun 2003. Bila kita lihat peta Propinsi Papua Barat maka letak Kabupaten ini terletak di kepulauan sebelah barat paruh burung pulau papua. Kabupaten Raja Ampat terdiri dari kurang lebih 610 pulau yang memiliki panjang total tepi pantai 753 km. Pusat pemerintahan dan sekaligus Ibukota bagi Kabupaten Raja Ampat adalah sebuah kota yang terletak di Pulau Waigeo, yaitu kota Waisai. (wbp)